Le FEJ est piloté par l’Institut national de la jeunesse et de l’éducation populaire (INJEP), service à compétence nationale, rattaché à la Direction de la jeunesse, de l’éducation populaire et de la vie associative (DJEPVA – Ministère de l'Éducation nationale, de la Jeunesse, des Sports et des Jeux Olympiques et Paralympiques).
Mis en place par l’article 25 de la loi n° 2008-1249 du 1er décembre 2008, le Fonds d’expérimentation pour la jeunesse a pour objet de financer des programmes expérimentaux visant à favoriser la réussite scolaire des élèves, à contribuer à l’égalité des chances et à améliorer l’insertion sociale et professionnelle durable des jeunes de moins de vingt-cinq ans.
Le décret n°2011-1603 du 21 novembre 2011 définit les conditions de fonctionnement du FEJ.
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